要使学生有自己的思想，要使学生形成自主研究的意识和能力，首先要培养学生的质疑意识与质疑能力。爱因斯坦说：“提出问题比解决问题更重要。”明代学者陈献章对质疑的功用阐述更具体：“小疑则小进，大疑则大进，疑者觉悟之机也。一番觉悟一番长进。” 让学生质疑，是突出主体，让学生参与学习过程的重要体现。培养质疑能力对促进学生智能发展和素质的提高的重要性毋庸置疑，然而，学生在何时质疑呢？下面谈一下质疑的时机。
一是从自己不明白、不理解、认为值得怀疑的地方发现问题，提出质疑；二是已经理解的学生可以提问，考考教师和同学；三是在知识的“生长点”上，即在从旧知到新知的迁移过程中发现问题，提出问题；四、从课题处质疑。教材中的很多课题能起“画龙点睛”的作用，抓课题质疑，往往可以起到牵一发而动全身的效果。这样从课题入手剖析，由浅入深，由表及里，层层推进，融会贯通。五是在知识的“结合点”上质疑，即在新旧知识的内在联系、比较上发现问题，提出质疑；六是在“认知冲突”中找疑点，即新知识同自身原有认知结构矛盾冲突的地方发现问题，提出质疑；七是大胆猜想、联想、多角度、多层次地发现问题，提出质疑。这样一来就为学生提供发展潜在能力的机会，让不同层次的学生都有人机会得到锻炼，从原有的基础上得到不同程度的发展。
学生除了正向质疑之外还可以从思维逆向上质疑，古人说得好，尽信书不如无书。如果学生敢于向权威挑战，经常做做逆向质疑训练，那么思维的准确性和敏捷性将更高，研究能力和创新能力也将更强。当然有时逆向质疑的结果证明，书上的内容是对的，或者书上的方法是好的，但因经历了“怀疑——分析——肯定”的思维过程，这样的质疑，对训练思维品质、提高分析与判断的能力，依然是有帮助的。只要提醒学生“大胆质疑，小心求证”就是了。
此外，还可以引导学生运用找依据、揭矛盾、比优劣等方法，在不懂处质疑。但有时学生质疑的涉及面广，显得“多而杂”，这时可组织学生讨论，哪些问题问得好，哪些问题不着边际，不是教材的内容和重点，引导学生逐步由“多而杂”变为“少而精”。只要引导得法，学生就能有所发现，逐渐学会质疑。
朱熹说：“读书无疑处须教有疑，有疑处须教无疑。”我们要让学生在这种“无疑——有疑”、“有疑——无疑”的转换中，培养质疑意识和质疑能力，并以此调动学生自主研究的积极性，培养他们自主研究的习惯，提高他们自主研究能力。
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